עמותת "ילדים בסיכוי" מומחית בתחומה בישראל ותוכניותיה המקצועיות פותחו בעקבות מחקרים ארוכים. תוכניות העמותה פוגשות את הילדים והצעירים בסיכון לאורך חייהם, החל מראשית דרכם בפנימיות הרווחה, שמספקות את צרכיהם הבסיסיים, ועד ליציאתם לחיים עצמאיים.

העמותה פועלת במספר מישורים עיקריים, כשהראשון שבהם הוא ייזום והפעלת תוכניות חינוכיות, שיקומיות וטיפוליות ייחודיות בכל 110 פנימיות הרווחה ברחבי הארץ, בשותפות עם משרד העבודה והרווחה על פי מדיניות ומודל ההפעלה של האגף החוץ ביתי במשרד הרווחה – תוכנית "משפחות מלוות" הפועלת עבור ילדים נעדרי עורף משפחתי הנאלצים להישאר בפנימיות גם כשחבריהם חוזרים לביתם בשבתות ובחגים, הזקוקים למשפחות שייכנסו לעולמם הפגיע ויעניקו להם ביטחון, אהבה וחוויית משפחה. תוכנית נוספת עוסקת בצמצום פערים חינוכיים, אותה מובילה "המרכזייה החינוכית", שבמסגרתה מודרכים צוותי החינוך של הפנימיות, וניתנים להם כלים מקצועיים המסייעים בהעברת תכנים במגוון תחומי החיים, שבמשפחה נורמטיבית מועברים לילדים על ידי הוריהם. עוד עוסקת העמותה בסוגיית הקשר עם המשפחה. לעיתים, נסיבות החיים, כמו עוני, חוסר במשאבים חברתיים ועוד, הובילו להוצאה של הילדים מהבית, ולכן פועלת תוכנית "הורים שותפים" מתוך האמונה כי למשפחה מקום משמעותי בחיי הילד, ובאמצעות שותפות נכונה בין כלל הגורמים הטיפוליים בפנימייה ובקהילה למשפחה, ניתן להיטיב עם הילד.